Le Livre rouge des oiseaux menacés des régions françaises d'Outre-mer liste les principales menaces pour les espèces de Polynésie française, et on trouve la liste des espèces envahissantes menacant la biodiversité sur le site de l'ISSG:

Action des espèces animales introduites
Les oiseaux étaient les vertébrés supérieurs qui dominaient les écosystèmes avant l'arrivée de l'homme et de son cortège d'animaux domestiques et commensaux. Ils ne connaissaient pas de prédateurs directs et avaient pour certains perdus leurs capacités à se défendre ou leur aptitude à voler. Le contact avec certaines espèces animales a été dramatique.
- Introduction de mammifères
Chiens et porcs introduits par les Polynésiens ont porté préjudice aux oiseaux nichant au sol ou à ceux qui ne volaient plus comme un grand nombre de Râles. Les rats et les chats introduits par les européens ont achevé le travail en s'attaquant à ceux qui étaient peu farouches (Gallicolombes) ou qui nichaient au sol (Prosobonia). Le rat noir Rattus rattus, grimpeur agile, a entrainé le déclin drastique ou la disparition des psittacidés et des petits passereaux comme les monarques dans toutes les îles où il s'est installé.
- Introductions d'oiseaux
Les oiseaux introduits par l'homme tant pour un usage économique ou utilitaire (Martin triste),que récréatif (Bulbul à ventre rouge) peuvent entrer en compétition avec les espèces indigènes pour l'alimentation ou les sites de reproduction, être des prédateurs pour ces espèces (comme le Busard de Gould et le Grand-duc de Virginie) ou vecteurs de maladies aviaires (malaria aviaire, influenza aviaire).
- Introduction d'insectes
Certains insectes introduits menacent la biodiversité. Certains ont été introduits volontairement comme les abeilles (Apis mellifica) dont les essaims sauvages entrent en compétition avec les espèces qui nichent dans les arbres creux. D'autres espèces sont arrivées accidentellement: c'est le cas de la petite fourmi de feu Wasmannia auropunctata qui attaque les poussins au nid.

Destruction des habitats
- Feux et défrichements
L'exploitation des forêts naturelles, la culture sur brûlis et les plantations coloniales de cocotier ont profondément modifiés les écosystèmes à base d'espèces essentiellement forestières réduisant les habitats qui convenaient aux oiseaux forestiers à une peau de chagrin.
Il n'existe à l'heure actuelle aucune donnée quantitative sur le recul de la forêt en raison des feux et des défrichements, les forêts d'origine ne sont aujourd'hui présentes qu'à l'intérieur des îles.
Sur Tahiti, les formations primaires de moyenne altitude ne subsistent que dans certains vallons protégés, sur les côtes est et ouest. Ces forêts relictuelles disparaissent maintenant, envahies par le Miconia. Dans les autres archipels, la forêt a beaucoup régressé mais les connaissances sont encore plus disparates et incomplètes ; aux îles Marquises, le couvert végétal originel est aujourd'hui très largement absent des zones sèches ; les Gambier ont été plus ou moins entièrement savanisés, les Australes, en particulier Tubuai et Rurutu, sont également des îles déboisées où dominent souvent la lande à fougères et les plantations de Pins des Caraïbes.
Aux Tuamotu, les cocoteraies ont remplacé les forêts originelles de Gatae (Pisonia grandis) et les motu sont souvent brûlés pour l'aménagement de nouvelles cocoteraies, même sur des îles où l'ensemble des cocoteraies présentes n'est pas encore totalement exploité.
- Action du bétail
Introduits par les européens et rapidement retournés à un état semi sauvages, les troupeaux de bovins, de chèvres et de moutons ont dévasté des îles entières (Eiao) surtout au Marquises mais aussi à Rapa et aux Gambier, ne laissant rien subsister du couvert arboré initial, habitat naturel de bon nombre d'espèces.
- Aménagements
Les grands travaux réalisés sans connaissance de la fragilité des écosystèmes entraînent des destructions de milieux sensibles, particulièrement les extractions en rivière, les déboisements des berges et leur "rectification" ont conduit à la disparition des forêts riveraines, abri de plusieurs espèces rares (Héron strié).
- Reboisements
Les plantations de conifères (Pin des caraïbes) pour la production de bois d'œuvre sont désertées par les oiseaux indigènes qui n'y trouvent ni nourriture, ni habitat correct mais favorisent certaines espèces introduites.

Dérangements et surexploitation
- Chasse et prélèvements
Aux temps préhistoriques les plus grosses espèces ont été les proies favorites des chasseurs polynésiens: il s'agissait d'oiseaux de mer et de gros pigeons (carpophages, gallicolombes géantes) dont les restes sont retrouvés dans les couches les plus anciennes des fouilles archéologiques correspondant à la période d'établissement des premières populations.
Avec l'introduction des armes à feu la situation a empiré et aujourd'hui si la chasse des espèces d'oiseaux endémiques est interdite, certaines sont encore braconnées (carpophages, canards à sourcil). Les collectes d'oeufs et de poussins d'oiseaux marins sont encore réalisées à plus ou moins grande échelle aux Tuamotu et aux Marquises et facilités par l'utilisation des moteurs hors-bords qui permettent d'accéder rapidement à des sites éloignés.
L'importance des plumes rouges dans la société polynésienne pré européenne a conduit à la surexploitation et à la disparition de psittacidés qui les arboraient. Aujourd'hui le traffic illégal d'oiseaux (et plus particulièrement de psittacidés) ne semble pas être un facteur de menace pour la survie des espèces de Loris bien que des cas isolés soient signalés.
- Le développement du tourisme
Mal encadré (ou pas encadré) dans les colonies d'oiseaux marins, il peut entraîner des dégâts considérables : stress, abandon de pontes et de poussins.

Catastrophes naturelles
Les phénomènes cycloniques sont rares en Polynésie, et les espèces autochtones avaient acquises des mécanismes de résistance et de récupération au cours de leur longue évolution. Mais ce qui était vrai quand ces espèces étaient abondantes et largement réparties n'est plus forcement valable aujourd'hui : en effet ils peuvent détruire de très petites populations survivant dans une seule île ou dans des îles très éloignées les unes des autres qui ne se reconstitueront pas par recolonisation (ainsi la Rousserolle des Tuamotu qui a disparu de Fangataufa à la suite des essais nucléaires n'a pas reconquis cet atoll depuis qu'il est retourné à l'état sauvage). L'élévation du niveau des océans dûe au réchauffement climatique causé par l'effet de serre au niveau mondial pourrait faire disparaître plusieurs dizaines d'atolls et les populations d'oiseaux rares qui y résident encore.

CARPOPHAGE DES MARQUISES UPE Ne le chassons pas		FOU BRUN KENA Ne le dérangeons pas
LORI NONETTE VINI Ne le vendons pas		HERON VERT A'O Protégeons son milieu

En conclusion toutes ces nuisances, à l'exception des cyclones (et encore…) ont une origine unique … l'Homme dont l'impact ne cesse de s'accroître au rythme de l'évolution démographique (la population humaine a doublé en 40 ans).

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L'Union pour la Conservation de la Nature (U.I.C.N.) a défini les critères qui permettent de classer les espèces menacées de disparition dans différentes catégories. Les espèces menacées ainsi identifiées sont regroupées dans les "Listes Rouges de l'UICN".
En excluant les oiseaux appartenant à la catégorie "préoccupation mineure" (lc - least concern), on recence 53 espèces d'oiseaux menacés sur les listes rouges appartenant aux catégories EX, CR, EN, VU et NT.
Cependant 27 d'entre elles sont soit des formes définitivement éteintes (11 espèces) soit des oiseaux marins ou migrateurs accidentels et erratiques (16 espèces).
En Polynésie Française, c'est donc 26 espèces d'oiseaux qui sont menacés d'extinction : 5 critiques (CR), 8 en danger (EN) et 10 vulnérables (VU). 3 espèces supplémentaires sont quasi menacées (nt).
5 sont des oiseaux marins et les 21 autres des oiseaux terrestres (dont un migrateur régulier).
Ainsi 20 espèces d'oiseaux terrestres reproducteurs en Polynésie française sur les 32 présentes dans le Pays figurent sur ces "Listes Rouges".
Toutes les espèces terrestres menacées (sauf le Courlis d'Alaska) sont endémiques : c'est donc 70% des espèces endémiques terrestres qui sont menacées.

En 2008 et 2009, 5 espèces ont changé de catégorie : Le Upe (Carpohage des Marquises) a été rétrogradé de la catégorie CR à EN (à la suite des bons résultat de la réintroduction de l'oiseau à Ua Huka) et le Kotue (Gallicolombe des Marquises) de EN à VU (à la suite du suivi réalisé par MANU dans le cadre des ZICOs); par contre le Pahi (Martin-chasseur des Marquises) a été déplacé de la catégorie EN à CR (en raison de son extinction sur Hiva Oa) et le 'Otatare (Rousserolle à long bec) est passé de VU à EN en raison de la diminution constante des effectifs de Tahiti.

Espèces En Danger Critique d'Extinction (CR)
Un taxon est dit En danger critique d'extinction lorsque les meilleures données disponibles indiquent qu'il remplit l'un des critères A à E correspondant à la catégorie En danger critique d'extinction (pour plus d'informations voir Catégories et Critères de l'UICN pour la Liste Rouge, Version 3.1) et, en conséquence, qu'il est confronté à un risque extrêmement élevé d'extinction à l'état sauvage.

Espèces En Danger (EN)
Un taxon est dit En danger lorsque les meilleures données disponibles indiquent qu'il remplit l'un des critères A à E correspondant à la catégorie En danger (pour plus d'informations voir Catégories et Critères de l'UICN pour la Liste Rouge, Version 3.1) et, en conséquence, qu'il est confronté à un risque très élevé d'extinction à l'état sauvage.

Espèces Vulnérables (VU)
Un taxon est dit Vulnérable lorsque les meilleures données disponibles indiquent qu'il remplit l'un des critères A à E correspondant à la catégorie Vulnérable (pour plus d'informations voir Catégories et Critères de l'UICN pour la Liste Rouge, Version 3.1) et, en conséquence, qu'il est confronté à un risque élevé d'extinction à l'état sauvage.

Espèces Quasi Menacées (NT)
Un taxon est dit Quasi menacé lorsqu'il ne remplit pas, pour l'instant, les critères des catégories En danger critique d'extinction, En danger ou Vulnérable mais qu'il est près de remplir les critères correspondant aux catégories du groupe Menacé ou qu'il les remplira probablement dans un proche avenir.

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